L'Office français de la Biodiversité (OFB) est un établissement public de L’État chargé de la protection et de la gestion de la biodiversité. Sur le territoire du lac du Der, l'OFB assure la gestion de la Réserve Nationale de Chasse et de faune Sauvage (RNCFS) du lac du Der et des étangs d'Outines et d'Arrigny, un vaste complexe de zones humides d'importance nationale et internationale de 5 664 ha situé entre Saint-Dizier, Montier-en-Der et Vitry-le-François Cette réserve protège une biodiversité riche, notamment une avifaune exceptionnelle avec plus de 300 espèces d'oiseaux observées et des populations significatives d'espèces migratrices nicheuses.

Située au sud de l'agglomération toulousaine, la Réserve Naturelle de la Confluence Garonne-Ariège s'étend sur près de 600 km sur un linéaire d'une vingtaine de km longeant le corridor fluvial des cours d'eau de la Garonne et de l'Ariège. Ce territoire, refuge d'une riche biodiversité est composé d'un mosaïque d'habitats dont la majorité sont des zones humides : forêt et prairie alluviales, bras mort, ilot, mais aussi espaces agricoles et falaises

Le courant d'Huchet, véritable cordon ombilical entre l'étang de Léon et l'océan atlantique, constitue un site riche en histoire, en traditions et en habitats pour la faune et la flore. Il est à ce jour le seul cours d'eau du golfe de Gascogne dont l'embouchure n'a pas été stabilisée par travaux d'endiguement. La mise en réserve naturelle du courant d'Huchet  en 1981, est née de la volonté de conserver un site unique d'une grande richesse botanique en limitant les activités humaines ainsi qu'un excès de fréquentation touristique sur le courant. Sa superficie est de 618 ha. Cette espace naturel protégé est géré par le Syndicat Intercommunal d'Aménagement et de Gestion de la Réserve Naturelle du Courant d'Huchet. 

Situé en bordure de la forêt de Fontainebleau, le Marais de Larchant est une zone humide totalement naturelle de 123 ha, abritant une grande diversité faunistique et floristique.  Zone humide au régime hydrique très particulier, avec des variations naturelles du niveau d’eau qui ne peuvent être contrôlées, le Marais de Larchant constitue un enjeu majeur à l’échelle régionale de par sa fonctionnalité, son patrimoine écologique et son paysage atypique.  Toutes ces caractéristiques ont justifié un classement en Réserve Naturelle Volontaire en 1988 puis en RNR en 2008. Sa gestion a été confiée à une association : l’Association de la Réserve Naturelle du Marais de Larchant (ARNML).

Créée par délibération du Conseil régional d’Ile-de-France le 22 octobre 2009, la réserve naturelle, co-gérée par la ville de Limay et le Parc Naturel Régional du Vexin français depuis janvier 2015, permet de protéger des roches, des fossiles, des animaux et des plantes remarquables et de sensibiliser tous les publics à la Nature.

Au milieu de son parcours la Loire offre un paysage diversifié : multiples bras d’eau, grèves de sables, îles boisées, bras morts, mares et marais, forêt alluviale, pelouses et prairies sèches, fourrés... Modelés par le fleuve au rythme des crues et des étiages, ces milieux naturels contrastés abritent une faune et une flore remarquables, adaptées aux conditions de vie qu’offre le fleuve : Sternes naines et pierregarin, Gomphe serpentin, Oedipode soufrée, Gagée des prés, Peuplier noir, Eucnème capucin, Brochet, Triton ponctué, Crapaud calamite, Castor et Loutre d'Europe, Cuspide… C’est en 1995 que la Réserve Naturelle du Val de Loire est créée pour préserver ce patrimoine exceptionnel. L’intérêt du secteur, tant paysager qu’écologique, est en effet connu de longue date par les ligériens, les scientifiques et les naturalistes et la dynamique fluviale y est encore bien active. Conjuguant amélioration des connaissances, travaux de restauration ou d’entretien, information et sensibilisation des publics et réglementation, la gestion de la réserve naturelle a été confiée par l’Etat aux Conservatoires d’espaces naturels Bourgogne et Centre-Val de Loire. Un comité composé de tous les acteurs concernés (élus locaux, administrations, usagers, scientifiques) participe aux choix des actions proposées.

Sur la commune de Lussat, dans la Creuse, la Réserve naturelle de l’étang des Landes est riche de 950 espèces animales, dont 240 oiseaux, et de 480 espèces végétales, que la Maison de la Réserve, les observatoires et les sentiers aménagés permettent de mieux approcher.

Association créé le 1e septembre 1982 visant à protéger et gérer les sites géologiques stratotypes de l'Aquitanien et du Burdigalien, référence internationale de l'échelle des temps.

L’île de la Réunion est bordée sur sa côte Ouest par des récifs coralliens. Siège d’une biodiversité remarquable (plus de 3500 espèces animales et végétales), cet espace maritime sensible rassemble aussi plus de 70 usages maritimes différents.  Créée le 21 février 2007, la Réserve Naturelle Marine de la Réunion s'étend sur 40 km de linéaire côtier et couvre une zone maritime de 3 500 hectares Le GIP veille aux équilibres durables du territoire alliant protection de l’environnement, préservation du patrimoine culturel et développement économique. Interlocuteur des pouvoirs publics, du tissu économique, associatif ou de tout citoyen, il assure également les secrétariats des instances consultatives (conseil scientifique et comité consultatif) et participe à différents réseaux locaux, nationaux comme internationaux.

Née en 1994, la Réserve Naturelle Nationale Baie de Somme s'engage pour la protection et la gestion des richesses de ce territoire mais aussi à la sensibilisation de l'ensemble des publics.

La Réserve naturelle nationale (RNN) d'Arjuzanx, située sur le territoire de 3 communes : Morcenx-la-Nouvelle, Rion des Landes et Villenave, a été classée le 2 septembre 2022. Cette aire protégée s'étend sur 2 205 ha, faisant d'elle, par sa taille, la 1ʳᵉ réserve naturelle des Landes et la 4ᵉ en Nouvelle-Aquitaine après les grandes Réserve naturelles du Banc d'Arguin (4 360 ha), de la Baie de l'Aiguillon (4 900 ha) et de Moëze-Oléron (6 720 ha). La région Nouvelle-Aquitaine compte 22 réserves naturelles nationales au 1ᵉʳ janvier 2023. Le classement en réserve naturelle permet de protéger : un site majeur en France pour l’accueil des Grues cendrées. C’est le site néo-aquitain, voire français, le plus important pour l’hivernage des Grues avec une population hivernante de 25 à 30 000 grues et des pics migratoires pouvant atteindre 80 000 grues.une mosaïque de milieux secs allant des pelouses aux landes caractéristiques des Landes de Gascogne, avec les cortèges d’espèces associées, s’étendant sur de vastes surfaces et en bon état de conservation ;    une grande diversité de zones humides et en particulier des milieux aquatiques présentant des conditions écologiques oligotrophes ou des milieux tourbeux ;quelques riches boisements anciens non affectés par les activités humaines et d’importantes surfaces de forêts récentes évoluant naturellement. Enfin le classement en RNN est justifié également par la présence d’un patrimoine géologique connu

Située en plein cœur de la Brenne, la Réserve Naturelle Nationale de Chérine est en charge de la protection de 396 ha de zones humides, prairies, landes et bois.